Une évocation du passé de Logan/Wolverine, embarqué malgré lui dans le programme "Weapon X", qui transforme les mutants en armes vivantes.

Le scientifique Bruce Banner cherche désespérément un antidote aux radiations gamma qui ont créé Hulk. Il vit dans l'ombre, toujours amoureux de la belle Betty Ross et parcourt la planète à la recherche d'un remède.
La force destructrice de Hulk attire le Général Thunderbolt Ross et son bras droit Blonsky qui rêvent de l'utiliser à des fins militaires. Ils tentent de développer un sérum pour créer des soldats surpuissants.
De retour aux Etats-Unis, Bruce Banner se découvre un nouvel ennemi. Après avoir essayé le sérum expérimental, Blonsky est devenu L'Abomination, un monstre incontrôlable dont la force pure est même supérieure à celle de Hulk. Devenu fou, il s'est transformé en plein coeur de New York.
Pour sauver la ville de la destruction totale, Bruce Banner va devoir faire appel au monstre qui sommeille en lui...

Tony Stark, inventeur de génie, vendeur d'armes et playboy milliardaire, est kidnappé en Aghanistan. Forcé par ses ravisseurs de fabriquer une arme redoutable, il construit en secret une armure high-tech révolutionnaire qu'il utilise pour s'échapper. Comprenant la puissance de cette armure, il décide de l'améliorer et de l'utiliser pour faire régner la justice et protéger les innocents.

Peter Parker a enfin réussi à concilier son amour pour Mary-Jane et ses devoirs de super-héros. Mais l'horizon s'obscurcit. La brutale mutation de son costume, qui devient noir, décuple ses pouvoirs et transforme également sa personnalité pour laisser ressortir l'aspect sombre et vengeur que Peter s'efforce de contrôler.
Sous l'influence de son costume, Peter devient trop sûr de lui et commence à négliger ses proches. Contraint de choisir entre le pouvoir si séduisant de ce nouveau costume et la compassion qui le caractérisait avant, Peter va faire face à ses démons lorsqu'il affrontera deux des pires méchants de l'histoire, l'Homme-sable et Vénom, dont l'extraordinaire puissance et la soif de vengeance menacent Peter et tous ceux qui lui sont chers.